銀杏樹為落葉大喬木，胸徑可達4米，幼樹樹皮近平滑，淺灰色，大樹之皮灰褐色，不規則縱裂，粗糙；有長枝與生長緩慢的距狀短枝。

　　幼年及壯年樹冠圓錐形，老則廣卵形；枝近輪生，斜上伸展（雌株的大枝常較雄株開展）；一年生的長枝淡褐黃色，二年生以上變為灰色，并有細縱裂紋；短枝密被葉痕，黑灰色，短枝上亦可長出長枝；冬芽黃褐色，常為卵圓形，先端鈍尖。

　　葉互生，在長枝上輻射狀散生，在短枝上3~5枚成簇生狀，有細長的葉柄，扇形，兩面淡綠色，無毛，有多數叉狀并列細脈，在寬闊的頂緣多少具缺刻或2裂，寬5-8（-15）厘米，具多數叉狀并歹帕細脈。在長枝上散生，在短枝上簇生。它的葉脈形式為“二歧狀分叉葉脈”。在長枝上常2裂，基部寬楔形，柄長3-10（多為5~8）厘米，幼樹及萌生枝上的葉常較而深裂（葉片長達13厘米，寬15厘米），有時裂片再分裂（這與較原始的化石種類之葉相似），葉在一年生長枝上螺旋狀散生，在短枝上3-8葉呈簇生狀，秋季落葉前變為黃色。

　　球花雌雄異株，單性，生于短枝頂端的鱗片狀葉的腋內，呈簇生狀。雄球花葇荑花序狀，下垂，雄蕊排列疏松，具短梗，花藥常2個，長橢圓形，藥室縱裂，藥隔不發；雌球花具長梗，梗端常分兩叉，稀3-5叉或不分叉，每叉頂生一盤狀珠座，胚珠著生其上，通常僅一個叉端的胚珠發育成種子，內媒傳粉。它的雄花花粉萌發時僅產生兩個有纖毛會游動的精子。

　　4月開花，10月成熟，種子具長梗，下垂，常為橢圓形、長倒卵形、卵圓形或近圓球形，長2.5-3.5厘米，徑為2厘米，假種皮骨質，白色，常具2（稀3）縱棱；內種皮膜質。種皮肉質，被白粉，外種皮肉質，熟時黃色或橙黃色，外被白粉，有臭葉；中處皮白色，骨質，具2-3條縱脊；內種皮膜質，淡紅褐色；胚乳肉質，味甘略苦；子葉2枚，稀3枚，發芽時不出土，初生葉2-5片，寬條形，長約5毫米，寬約2毫米，先端微凹，第4或第5片起之后生葉扇形，先端具一深裂及不規則的波狀缺刻，葉柄長0.9-2.5厘米；有主根。